Die Becherzellen befinden sich in der Bindehaut des Augapfels. Zum Schutz des Auges bilden sie ein schleimartiges Sekret (Muzin), das die Hornhaut benetzt. Diese Schleimschicht stellt einen wichtigen Teil des Tränenfilms dar, denn erst sie macht die Oberfläche der Hornhaut “glitschig” genug, um die darüber liegende Wasserschicht zu binden. Ist die Sekretproduktion der Becherzellen gestört, kann dies zu einem trockenen Auge, auch Sicca-Syndrom genannt, führen.

Becherzellen finden sich auch in anderen Körperregionen, etwa in den Atemwegen sowie in Dünn- und Dickdarm. Auch dort sind sie verantwortlich für die Bildung von Schleim.